На ранних образцах 2121 с двигателем 1.3 устанавливались главные пары 4.44. На Нивах до 1993 года модель 2121 (двигатель 1.6) устанавливались главные пары с передаточным числом 4.1. С 1993 года на модель 21213 (двигатель 1.7) и по сей день устанавливаются  главные пары с передаточным числом 3.9.

Маленькая справочка: чем меньше число главной пары, тем больше скорость автомобиля при одинаковом радиусе колеса и одних и тех же оборотах двигателя..

Какие существуют главные пары?

3.9 - ВАЗ-2106 имеет метку на картере в виде цифры 6.
4.1
4.3
4.44 - почти не встречается передний редуктор в сборе.

Далее идут только заказные:

4.7
5.0
5.3

Можно ли заменить главную пару или только дифференциал в сборе?

Можно заменить, но очень сложна настройка дифференциала, делают не на каждом сервисе, результат иногда не оправдывает вложенные средства.

Отличаются ли чем главная пара передняя от задней?

Нет не отличается.

Зачем вообще менять передаточное отношение главной пары?

Меняют в основном для спорта. При установке колес нестандартного размера, двигатель уже не справляется с возросшими усилиями, этим мы помогаем не только двигателю, но и себе - проще тронуться (я про увеличение передаточного отношения).

НО! Все равно в любом конкретном случае лучше поговорить с людьми, которые уже проделывали подобную процедуру, и они могут посоветовать, что Вам именно нужно, может лучше что-то сделать с двигателем, чем менять главную пару.

Константин Купцов, взято с сайта Нива-Клуба www.niva.msk.ru.

О подборе передаточного отношения редуктора при изменении радиуса колеса можно почитать здесь: Физика и Нива.